La Magdeleine faisait partie de la paroisse d’Antey-Saint-André jusqu’en 1789. En 1774, l’église paroissiale y avait déjà été bâtie en l’honneur de sainte Marie-Madeleine à laquelle la commune doit son nom.
Déjà en 1795, le prêtre Joseph Grange fit construire un terre-plein tout autour de l’église pour remédier à l’humidité qui montait le long des murs et, en 1816, le sol fut surélevé de 1,80 mètres et un escalier de 12 marches fut construit.
D’autres transformations furent effectuées, suite à la visite du représentant de Mons. Duc, F. Marco Benchod. On parle de travaux de restauration et d’une extension vers la montagne. Le chœur, en fait, fut déplacé vers l’est et la nef agrandie. Les travaux furent exécutés en 1886 tandis que le porche actuel date de quelques années.