La chapelle des Capucins renferme des siècles d’histoire; en 1626, par un acte du 22 mars, le Baron Paul Emmanuel de Challant céda une maison à l’ordre pour y fonder un couvent. En 1633, après des travaux d’adaptation , les premiers Frères Capucins s’y installèrent.
Adossée au couvent se trouvait une chapelle consacrée à Saint Grat, le puissant thaumaturge invoqué en cas de maladies, guerres et famines. Jugée trop petite, la chapelle fut entièrement rebâtie entre 1635 et 1642 et dédiée à Saint François d’Assise, reproduit sur un bel autel en bois que l’on peut admirer encore de nos jours à son intérieur, avec les armoiries des familles Challant et Passerin d’Entrèves.

La Révolution française conduisit à la suppression de nombreuses institutions monastiques et en 1802, après les couvents d’Aoste et de Morgex, ce fut le tour du couvent de Châtillon: les Frères furent chassés et le bâtiment utilisé comme entrepôt pour les troupes.

Après diverses vicissitudes et changements d’utilisation, en 1895 l’évêque d’Aoste, Mgr Joseph Auguste Duc, acheta le bâtiment par la Mairie et le couvent abrite actuellement la seule communauté Capucine présente en Vallée d’Aoste.