Dans la Bulle de Innocent III du 12 mai 1204, la Paroisse de Sain-Denis fut mentionnée comme dépendant de la Prévauté de Saint-Gilles. Depuis 1754, la paroisse n’a plus aucun lien avec l’évêque.
L’église actuelle de Saint-Denis fut reconstruite au milieu du XVIIIème siècle et consacrée le 3 juin 1794 par Mons. François De Sales. En 1963, à cause des nombreux dommages subis, le bâtiment fut classé comme étant dangereux et la Région procéda à d’importants travaux de consolidation et de restauration jusqu’à sa réouverture au public en 1984.