Il toponimo “Lillianes” deriva probabilmente da un nome personale latino, “Laelius”, forse un proprietario terriero della zona. La tradizione però ha tramandato un’altra versione, che sottolinea l’antico legame che unisce Lillianes e il torrente Lys: a causa delle molteplici inondazioni dello stesso e del formarsi di piccole isole, il paese avrebbe assunto il nome di “Insulae Helianae”, in italiano “isole luminose”, da un antico nome del Lys.
La storia di Lillianes è legata ai Vallaise, famiglia di feudatari che dominarono la Bassa Valle del Lys (chiamata anche, appunto, “Vallaise”) dal Medioevo fino alla fine del XVIII secolo. Lillianes faceva parte della parrocchia di Saint Saveur, sita nel comune di Perloz, la più antica della Vallaise: la popolazione si è dovuta perciò recare per molti secoli a Perloz per poter partecipare alle funzioni religiose. Soltanto nel 1614 Lillianes divenne parrocchia, staccandosi da Perloz. Un secolo e mezzo dopo, nel 1762, nacque il Comune di Lillianes.